Senin, 28 April 2014

Lehninger 5th edition volume II chapter 14

Glycolysis
Summary
- Glikolisis adalah sebuah pathway universal dengan sebuah molekul glukosa dioksidasi menjadi dua molekul piruvat. Oksidasi ini menghasilkan energi berupa ATP dan NADH.
- Seluruh enzim-enzim glikolisis (10 enzim) berada di sitosol, dan seluruh (10) intermediet difosforilasi menjadi senyawa 3 atau 6 karbon.
- Pada fase persiapan glikolisis, ATP digunakan (diinvestasikan) untuk mengkonversi glukosa menjadi F16BP. Ikatan antara C3 dan C4 kemudian putus menjadi dua molekul triosa fosfat.
- Pada fase pembayaran (payoff), masing-masing dari dua molekul G3P yang dibentuk dari glukosa mengalami oksidasi pada atom C1-nya; energi dari reaksi oksidasi dikonversi dalam bentuk 1 NADH dan 2 ATP per oksidasi triosa fosfat. Persamaan kesetimbangan dari seluruh reaksi glikolisis adalah
Glukosa + 2NAD+ + 2ADP + 2Pi 2 piruvat + 2NADH + 2H+ + 2ATP + 2H2O
- Glikolisis merupakan regulasi yang sangat ketat dalam koordinasi dengan pathway perubahan-energi yang lain untuk menjamin ketersediaan suplai ATP.
- Pada diabetes tipe I, ‘’rusaknya penerimaan glukosa oleh otot dan jaringan adiposa memiliki efek yang sangat besar dalam metabolisme karbohidrat dan lemak’’.

Feeder Pathway for Glycolysis
Summary
- Glikogen dan pati Endogenous, tempat penyimpanan bentuk glukosa, masuk ke dalam proses glikolisis dalam dua tahap. Pembelahan fosforolitik sebuah residu glukosa dari ujung suatu polimer, membentuk G1P, dikatalisis oleh glikogen fosforilase atau starch fosforilase. Fosfoglukomutase kemudian mengkonversi G1P menjadi G6P, dimana G6P bisa masuk ke dalam proses glikolisis.
- Polisakarida dan disakarida dicerna dan dikonversi menjadi monosakarida oleh enzim-enzim hidrolitik usus kemudian monosakarida masuk ke dalam sel-sel usus dan ditransfer menuju hati atau jaringan lain.
- Bentuk-bentuk D-heksosa, termasuk fruktosa, galaktosa, dan manosa, dapat langsung disalurkan ke dalam proses glikolisis. Masing-masing dikonversi menjadi G6P, F6P, atau F1P.
- Konversi Galaktosa 1-fosfat menjadi G1P melibatkan dua turunan nukleotida: UDP-galaktosa dan UDP-glukosa. Cacat genetik pada salah satu dari tiga enzim yang mengkatalisis konversi galaktosa menjadi G1P menghasilkan penyakit galaktosemia dengan tingkat yang berbeda-beda.

Fates of Pyruvate under Anaerobic Conditions: Fermentation
Summary
- NADH yang terbentuk dalam glikolisis harus didaur ulang menjadi NAD+, dimana NAD+ diperlukan sebagai sebuah penerima elektron pada tahap pertama dalam fase pembayaran (payoff) glikolisis. Dibawah kondisi aerob, elektron ditransfer dari NADH ke O2 dalam respirasi mitokondria.
- Dibawah kondisi anaerob atau kondisi-kondisi hipoxid (kondisi asam), banyak organisme meregenerasi NAD+ dengan mentransfer elektron dari NADH ke piruvat, membentuk laktat. Organisme-organisme yang lain, seperti yeast, meregenerasi NAD+ dengan mereduksi piruvat menjadi etanol dan CO2. Dalam proses anaerobik ini (fermentasi), tidak ada net oksidasi atau reduksi karbon-karbon glukosa.

Glukoneogenesis
Summary
- Glukoneogenesis adalah sebuah ubiquitous (ada dimana-mana) proses multistep dimana glukosa diproduksi dari laktat, piruvat, atau oksaloasetat, atau senyawa-senyawa lain (termasuk senyawa-senyawa intermediet siklus asam sitrat) yang dapat dikonversi menjadi salah satu bentuk intemediet ini. Tujuh dari tahap-tahap glukoneogenesis dikatalisis oleh enzim yang sama yang digunakan di glikolisis; Hal ini karean reaksinya merupakan reaksi yang reversible.
- Tiga tahap irreversible dalam glikolisis merupakan kebalikan reaksi-reaksi yang dikatalisis oleh enzim-enzim glukoneogenesis: [1] konversi piruvat menjadi PEP via oksaloasetat, dikatalisis oleh piruvat karboksilase dan PEP karboksikinase; [2] defosforilasi F16BP oleh FBPase; dan [3] defosforilasi G6P oleh glukosa 6 fosfatase.
- Pembentukan 1 molekul glukosa dari piruvat membutuhkan 4 ATP, 2 GTP, dan 2 NADH; ini sangat mahal.
- Pada mamalia, glukoneogenesis di hati, ginjal, dan usus kecil menyediakan glukosa untuk digunakan oleh otak, otot, dan eritrosit.
- Piruvat karboksilase distimulasi oleh asetil-CoA, meningkatkan rata-rata proses glukoneogenesis ketika sel memiliki kemampuan mensuplai substrat yang lain (asam lemak) untuk produksi energi.
- Hewan tidak dapat mengkonversi asetil-CoA dari pemecahan asam lemak menjadi glukosa; tumbuhan dan mikroorganisme bisa.
- Glikolisis dan glukoneogenesis diregulasi secara berbalasan/berlawanan untuk menghindari operasi sampah/sia-sia dalam pathway saat yang sama.

Pentose Phosphate Pathway of Glucose Oxidation
Summary
- Pathway oksidasi pentosa fosfat (fosfoglukonat pathway, atau heksosa monofosfat pathway) membawakan terkait oksidasi atau dekarboksilasi pada C-1 G6P, mereduksi NADP+ menjadi NADPH dan memproduksi pentosa fosfat.
- NADPH menyediakan kekuatan mereduksi untuk reaksi biosintesis, dan R5P adalah sebuah prekursor untuk nukleotida dan sintesis asam nukleat. Dengan cepat, jaringan bertumbuh dan jaringan membawa biosintesis aktif asam lemak, kolesterol, atau hormon-hormon steroid mengirim kelebihan G6P melalui pathway pentosa fosfat daripada mengerjakan jaringan dengan persediaan yang kurang untuk pentosa fosfat dan energi pereduksi.
- Fase pertama dalam pathway pentosa fosfat terdiri dari dua oksidasi yang mengkonversi G6P menjadi R5P dan reduksi NADP+ menjadi NADPH. Tahap yang kedua terdiri dari tahap nonoksidatif yang mengkonversi pentosa fosfat menjadi G6P, yang dimulai dari sebuha siklus lagi.
- Pada fase yang kedua, tranketolase (dengan TPP sebagai kofaktor) dan transaldolase mengkatalisis inerkonversi 3, 4, 5, 6, dan 7, karbon gula, dengan konversi reversibel 6 pentosa fosfat menjadi 5 heksosa fosfat. Pada reaksi asimilasi karbon fotosintesis, enzim yang sama mengkatalisis proses kebalikannya, reduksi pathway pentosa fosfat: konversi 5 heksosa fosfat menjadi 6 pentosa fosfat.
- Sebuah cacat genetik di enzim transketolase dengan affinitas yang rendah untuk TPP memperburuk sindrom Wernicke-Korsakoff.
- Masuknya G6P selain menuju glikolisis atau menuju pathway pentosa fosfat sangat besar ditentukan oleh konsentrasi relatif NADP+ dan NADPH.

Problems
1.
2.
3. GLUT transporters. Bandingkan lokasi GLUT4 dengan GLUT2 dan GLUT3, dan jelaskan kenapa lokasi mereka sangat penting untuk respon insulin pada otot, jaringan adiposa, dan hati. Answer. GLUT2 (dan GLUT1) ditemukan dihati dan selalu hadir di membran plasma hepatosit. GLUT3 selalu hadir di membran plasma sel otak. GLUT4 secara normal terasingkan di sel-sel vesicle otot dan jaringan adiposa dan masuk ke membran plasma hanya karena respon insulin. Oleh karena itu, hati dan otak dapat mengambil glukosa dari darah tanpa memperhitungkan level insulin, tetapi otot dan jaringan adiposa mengambil glukosa dari darah hanya jika kondisi insulin sedang tinggi akibat respon terhadap level glukosa darah.
4.
5.
6.
7.
8.
9
10.
11. Perputaran laktat dehidrogenase.

Minggu, 09 Februari 2014

entrepreneur

Saya merupakan mahasiswa lulusan IPB jurusan Biokimia tahun 2013. Ketika Saya menjadi mahasiswa, Saya sering melihat mahasiswa yang kekurangan dalam memenuhi kehidupan sehari-hari. Saya sendiri termasuk di dalamnya. Contohnya makan hanya sekali dalam sehari, tidak dapat membayar SPP, dan lain sebagainya. Melihat keadaan tersebut, saya bercita-cita suatu saat nanti Saya harus sukses dan dapat membantu mereka, memberikan beasiswa, dan memberikan bantuan dengan uang Saya sendiri.
Salah satu jalan untuk menjadi sukses dalam usia muda adalah menjadi entrepreneur. Kesempatan membuat perubahan dengan entrepreneur sangat besar. Kita bisa mendapatkan uang dalam jumlah banyak dalam waktu yang singkat. Kita bisa membuka lowongan pekerjaan sehingga dapat membantu perekonomian sekitar. Dan kesempatan untuk menggapai cita-cita lebih terbuka lebar dengan entrepreneur.
Menjadi entrepreneur memang suatu hal yang tidak wajib, tapi harus ada salah seorang diantara kita, diantara rakyat Indonesia yang menekuninya. Kesempatan untuk mewujudkan cita-cita lebih besar. Kesempatan untuk menciptakan perubahan juga terbuka lebar. Kita dapat mencapai potensi penuh diri kita. Menuai keuntungan yang mengesankan. Memberikan kontribusi kepada masyarakat dan mendapatkan pengakuan untuk usaha kita. Dapat melakukan apa yang disukai dan bersenang-senang. Semua ini akan dapat terwujud dengan entrepeneur.
Salah satu sifat yang harus Saya miliki untuk menjadi entrepeneur adalah bekerja keras. Dengan bekerja keras maka segala hambatan yang merintang akan dapat diatasi dengan mudah. Dengan bekerja keras, maka segala usaha akan tercapai. Sebagaimana Bill Gates, yang hanya tidur 8 jam dalam seminggu. Sebagaimana Top Ittipat, salah satu milyuder muda dari Thailand, dia pernah bilang bahwa untuk menggapai kesuksesan, maka harus bekerja keras dan jangan pernah putus asa dalam menggapainya, jalannya pasti ada. Oleh karena itu, sifat bekerja kerasa adalah modal utama menjadi enterpreneur.
Bisnis yang ingin Saya tekuni dalam entrepenur ini adalah peternakan. Keluarga Saya terlahir dalam peternakan. Om Saya sukses di dunia peternakan. Kakak Saya bisa hidup dari peternakan. Oleh karena itu, apakah saat ini ataukah nanti, Saya akan berwirausaha di jalan peternakan. Peternakan Ayam pedaging. Sebagaimana cita-cita Saya yang telah Saya tulis pada 2011 lalu, bahwa Saya ingin menjadi pengusaha ayam potong di Malang.
Ketika nanti Saya telah menjadi entrepeneur, maka kontribusi yang akan Saya berikan kepada masyarakat adalah memberikan kesempatan untuk berkarir bersama. Bukan hanya menjadikan mereka pegawai kita, tapi benar-benar berkarir bersama menuju kesuksesan besar. Semacam bersama-sama mendirikan koperasi, dan masyarakat tergabung di dalamnya. Hal ini akan menguntungkan semua anggota, bukan hanya pemilik perusahaan, tetap semua elemen masyarakat dapat sukses bersama.
Dalam melakukan usaha, tentu akan ada pasang surutnya. Kegagalan-kegagalan pasti akan menghampiri kita. Baik itu besar maupun kecil. Tapi, yang membedakan antara entrepeneur sukses adalah bagaimana kita dalam menghadapi kegagalan tersebut. Kegagalan merupakan langkah awal dalam menuju kesuksesan. Kegagalan merupakan cambuk untuk meneruskan perjuangan. Kegagalan merupakan kesuksesan yang tertunda. Walaupun gagal, kita harus tetap bekerja kerasa untuk mengatasinya. Kita tidak akan pernah melihat Top Ittipat dapat memiliki persuhaan yang besar jika dia menyerah dalam menghadapi kegagalan-kegagalan dalam menghadapi perusahaannya. Maka kegagalan sendiri adalah ketika kita putus asa dalam menghadapi kegagalan-kegagalan tersebut. 
Sementara sukses menurut Saya adalah ketika kita bermanfaat bagi masyarakat. Ilmu yang telah kita peroleh dapat bermanfaat bagi msyarakat. Uang yang telah kita peroleh dapat berguna bagi masyarakat. Itulah kesuksesan terbesar dalam hidup Saya. Bermanfaat bagi sesama. Dan itulah yang dilakukan orang-orang besar di negeri ini. Mereka susah payah mencari ilmu di luar, mereka bekerja keras mencari pengetahuan di luar. Dan akhirnya mereka kembali ke Indonesia, kembali ke masyarakat Indonesia untuk membangun Indonesia, menyebarkan ilmunya untuk Indonesia. Saya ingin seperti mereka. Oleh karena itu, hal yang paling Saya inginkan dalam hidup ini adalah melihat bangsa Indonesia makmur dan sejahtera, dan Saya berperan dalam proses tersebut.

Jumat, 31 Januari 2014

semua tentang mimpi

ya mungkin aku termasuk salah satu orang yang terjebak dengan yang namanya mimpi, mungkin aku salah satu orang yang masuk dalam kategori orang yang suka buat proposal hidup, dan mungkin aku juga termasuk orang yang berada dalam lingkungan para pengusaha mimpi. ya memang inilah yang terjadi, aku terjebak dalam lingkungan yang merasa segalanya akan dapat terwujud dengan memiliki mimpi dan berusaha untuk menggapainya.
itulah mengapa, aku tetap bertahan untuk menggapai mimpiku, walaupun sudah banyak waktu yang terbuang, sudah banyak materi yang terpakai, sudah banyak orang yang ku sakiti, dan sudah banyak janji yang sudah kuucapkan, semuanya gara-gara mimpi.
padahal sederhana, tapi terasa berat untuk menggapainya, cukup mudah bagi orang yang mampu, cukup mudah bagi orang yang memang ditaqdirkan untuk bisa menggapainya..tapi bagiku ini terasa berat, sangat-sangat berat
bagaikan melawan arus yang snagat besar, melawan angin yang sangat kencang, melawan ombak yang besar, dan harus menerjang bukit yang menjulang,,tapi nyatanya saat ini aku masih bertahan dalam menggapai mimpiku
dan semoga suatu saat nanti, aku berdiri di hadapan dunia, mengabarkan kepada semua orang, bahwa aku telah berhasil menggapai mimpiku,,aamiin

my research

this is my research about cholesterol
oh, hom much experienced that i gained from this,,
 

susahnya bahasa inggris,,

ya, semoga ada jalan menuju kesana,,aamiin

Kamis, 16 Januari 2014

MALANG-BOGOR

Hhmm, hampir 4.5 tahun Saya belajar di Institut Pertanian Bogor, hampir 9 semester Saya menuntut ilmu di kampus hijau ini, dan hampir selama itu pula Saya bercengkerama dengan orang-orang yang membuat Saya berbeda dengan yang lainnya. Memang waktu  tak terasa, dan waktu itu pula yang membuat kita memiliki kenangan-kenangan yang indah dan bermakna bagi kita. Ibarat sebuah pedang tajam, maka apabila kita tidak dapat memanfaatkan waktu dengan baik, pedang itu akan menebas kita. Semoga Saya bukan termasuk dalam golongan orang yang ditebas oleh pedang tersebut.
Ya, selama itu pula aku menikmati perjalanan yang sangat panjang menuju Bogor atau menuju Malang. Bayangkan saja, pernah Saya hampir 10 jam berdiri di dalam kereta karena penuhnya orang-orang yang naik kereta. Tetapi inilah jalan yang harus ku tempuh untuk menempuh perjalanan menuntut ilmu. Semoga suatu saat Allah SWT menggantinya dengan harga yang sesuai.
Nama kereta yang Saya gunakan dan menjadi idaman ‘kaum ekonomi bawah’ adalah MATARMAJA. Banyak kota dan banyak stasiun yang sudah Saya jelajahi maupun yang Saya lewati. Dimulai dari stasiun Malang Kota Baru, tempat awal kereta ini berangkat, lokasinya berada di dekat alun-alun kota Malang. Setelah stasiun Malang Kota Baru, kita akan menuju stasiun Kota Lama, stasiun Pakisaji, stasiun Kepanjen. Nah, terkadang Saya naik atau turun dari kereta melalui stasiun ini, soalnya kakak Saya lebih mudah menjemputnya, lebih dekat dari rumah. Setelah stasiun Kepanjen, kita menuju stasiun Sumber Pucung, stasiun Wlingi, dan stasiun Ngunut. Di ketiga stasiun ini terkadang kereta Matarmaja tidak berhenti, mungkin tergantung penumpang kali yaa. Dan diantara stasiun Sumber Pucung dan stasiun Wlingi, kita akan melewati dua buah lorong yang lumayan panjang. Bayangkan saja, di lorong pertama itu sekitar 1 menit, dan di lorong kedua sekitar 2 menit. Kalau kereta melaju dengan kecepatan 50 km/jam atau 0.83 km/menit maka panjang kedua lorong tersebut berturut-turut adalah 0.83 km dan 1.66 km. Wuih,lumayan panjang untuk ukuran lorong yang sangat gelap dan berada di bawah bendungan Karangkates. Dan disini, bagai yang jarang melihat pemandangan yang indah, inilah tempatnya, bagus banget. Ciptaan Tuhan gitu kali ya.
Stasiun Blitar merupakan stasiun besar pertama yang dilalui oleh Matarmaja, di luar daerah Malang. Yang suka disini adalah pengamennya, lagunya enak didengar dan kocak. Tapi setiap menyanyi orangnya itu-itu saja. Setelah stasiun Blitar adalah stasiun Tulungagung, hhmm tidak banyak yang bisa diceritakan disini, hanya lokasinya berada di kabupaten Tulungagung. Setelah stasiun Tulungagung adalah stasiun Kediri, terletak di kota Tahu, Kediri. Banyak orang-orang yang naik turun disini, entah kenapa, tapi terlihat seperti kurang logis, padahal jarak Malang dan Kediri itu dekat, dan banyak kereta lain, semisal Penataran yang menyajikan perjalanan antara Malang dan Kediri. Hal ini menyebabkan orang-orang yang akan ke Jakarta melalui Malang, akan kehabisan tiket. Karena tiketnya sudah diambil oleh orang-orang yang menuju ke Kediri. Ya, tapi namanya penumpang, tidak bisa ditolak.
Stasiun Kertosono adalah stasiun tujuan selanjutnya. Kalau kita berangkat dari Malang pkl 14.00 WIB, maka biasanya sampai disini ketika habis Maghrib. Dan stasiun ini adalah pertigaan jalan bagi kereta-kereta. Ketika lurus ke arah kiri maka akan menuju Madiun, sedangkan jika lurus ke arah kanan maka stasiun ini akan menuju Surabaya.
Setelah Kertosono adalah stasiun Nganjuk, stasiun Madiun. Inilah akhir kereta ini melalui area Jawa Timur. Setelah itu adalah stasiun Klaten, stasiun Solo Balapan, stasiun Semarang. Di semarang biasanya berhenti lumayan lama, dan tepat pada tengah malam. Setelah itu adalah stasiun Pekalongan, stasiun Brebes. Dan disini pula terakhir kita melewati Jawa tengah. Setelah itu kita akan memasuki kawasan Jawa Barat, dan stasiun yang akan kita lewati adalah stasiun Cirebon, pasa pada waktu pagi hari sampainya. Orang-orang yang akan ke Jakarta, dan menghindari macet, biasanya naik kereta Matarmaja, selain harganya yang murah. Setela itu akan langsung menuju ke Jakarta,,dan stasiun Pasar Senen adalah stasiun akhir yang dilalui oleh kereta api Matarmaja. Disini kalau tidak telat, kita sampai pada pukul 09.00 WIB. Jadi perjalannan kereta api Matarmaja sekitar 19 jam, waw 19 jam berada dalam kereta, haha. Dan kota Jakarta adalah tujuan akhir dari kereta ini. Kota yang menyajikan perekonomian yang sangat menwan.
Kita patut memberikan apresiasi yang berlebih kepada PT KAI yang telah memberikan pelayanan yang sangat bagus untuk mode transportasi orang-orang seperti Saya ini. Saat ini, harga tiket kereta api Matarmaja telah naik 2x lipat. Tapi walaupun harganya naik, orang-orang masih mencari dan membeli tiket untuk naik kereta ini. Wajar jika dibandingkan dengan transportasi lain, maka tiket kereta api ini masih tergolong sangat murah. Dan semakin tahun, pelayanan yang diberikan pun semakin meningkat. Terima kasih, terima kasih, dan terima kasih atas tumpangan yang telah engkau berikan wahai kereta api Matarmaja, telah menemani Saya baik itu pulang maupun pergi menuju ke Bogor. Sangat indah.
Setelah sampai di stasiun Pasar Senen, Saya langsung membeli tiket KRL menuju ke stasiun BOGOR. Kalau cepet dan tidak ada kemaceta, kita akan tiba di stasiun Bogor sekitar pkl 12.00 WIB. Dan setelah itu, Saya langsung menuju ke kampus IPB Darmaga naik angkot 03 dan kampus dalam. Masing-masing tarifnya Rp 3.000,00. Oleh karena itu, untuk menuju ke Bogor dari Malang naik kereta apai, maka Saya pastikan harganya tidak melebihi dari Rp 150.000,00. So, selamat mencoba.

Rabu, 01 Januari 2014

Waktu

tak terasa, sudah satu tahun lamanya semenjak Saya membuat blog ini. Memang waktu terasa berlalu begitu cepat, tak terasa, mengalir bagai air, dan berlalu bagai udara yang lembut. Waktu itu tepat 2 Desember 2013 Saya membuat blog ini, hhmm, Saya rasa sudah banyak yang sudah dikerjakan dalam satu tahun ini. So, mari kita evaluasi tahun ini untuk menatap tahun 2014 yang insya Allah lebih baik

Tahun 2013 seharusnya merupakan tahun terakhir Saya berkuliah di IPB. ya, di tahun ini Saya sudah menginjak semester ke-8, dan sudah memulai penelitian. penelitian yang Saya ambil berkaitan denga kolesterol dengan pembimbing drh. Sulistiyani, M.Sc.,PhD., waw, beliau merupakan salah satu dosen yang banyak dihindari oleh Mahasiswa Biokimia, tapi tidak tahu kenapa Saya malah memilih beliau, ketika itu Saya bilang ingi terupgrade saja kalau dengan Ibu.

hari demi hari ku lalui dalam kebersamaan mengerjakan penelitian dengan tim kecilku dan tentunya dengan bu Sulis. banyak hal telah kami peroleh, banyak ilmu yang telah kami sharingkan, banyak pengalaman yang telah kami dapat, dan tentunya banyak pengorbanan yang telah kami lakukan dalam menyelesaikan penelitian ini. Penelitian ini merupakan penelitian yang dibiayai oleh Dikti melalui program PKM P.

satu tahun telah berlalu, dan alhamdulillah melalui penelitian ini kamu bisa menjadi semakin dekat, kami juga mendapatkan banyak hal yang berharga ketika menyelesaikan penelitian ini. hal yang paling berkesan adalah kerika kami masuk PIMNAS di Mataram, NTB. Suatu hal yang sangat kami inginkan dan alhamdulillah kami bisa lolos. tetapi di hari presentasi ketika di Mataram, entah mengapa Saya sanagt gerogi ketika presentasi di depan teman-teman dari universitas yang lainnya, dan dapat ditebak, kami gagal mempersembahkan medali emas untuk ulang tahun emas IPB, maaf,
tpi pengalaan ini sangat berharga bagi Saya dan tim PKMP Saya,,
wah sudah adzan, ceritanya bersambung yaa,,